如何安装和初始设定并使用conda

1. 该装anaconda还是miniconda？

anaconda可以认为是一个完整版本的conda，里面有很多已经装好的软件，miniconda是精简版，里面什么都没装，所有想用的软件都是现用现装，推荐装miniconda。

2. miniconda的安装

MacOS:

wget

bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

Linux:

wget

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Win10 bash:

wget

bash Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh

一顿yes之后，就可以了。关闭terminal再重新打开，输入conda，应该会显示很多选项。

3. 激活bioconda:

conda config --add channels r

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels bioconda

上述命令只需运行一次即可，以后都不用再运行这些了。

4. 更新conda:

首先要deactivate conda:

source deactivate

然后更新conda:

conda update conda

5. 使用conda:

创建一个名为bioinfo的environment:

conda create -y --name bioinfo python=3.7

然后激活bioinfo:

source activate bioinfo

装一个软件合集（来自biostar handbook）:

curl | xargs conda install -y

如果以后需要装这个软件合集里没有的软件，则只需：

conda install toolname

即可。

6. 更新biostar handbook提供的软件合集（推荐一年一次）：

curl | xargs conda upgrade

miniconda2可以装python3

可以。miniconda2是一款目前***的环境管理工具，python3是一个高层次的结合了解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。miniconda2可以装python3，功能性强大，可以进行程序编写，性价比高。

Miniconda使用体验

生信入门的***步就是要学会安装软件，但有些软件的安装和编译比较麻烦，这个时候就会怀念windows系统的方便。

根据生信技能树和菜鸟团里的介绍，linux系统也有这种自动式的安装软件的方式，因此，开始体验使用conda来安装软件。

安装简单，只需要在服务器上运行即可

此时会在home目录下生成miniconda3的文件夹，并更新下环境变量。

注：如果安装后不想在终端前显示（base）

conda install fastqc(软件名)

which fastqc 查看软件安装位置

conda list 可以查看已安装软件列表，conda默认安装软件的最新版本，如果想安装指定版本的某个软件，可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本。

星号标记的表示是已经安装的版本。要 安装其他版本 ，输入：

conda install 软件名=版本号

这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。

如果想要安装列表中的软件，可进入该软件的conda主页，比如cutadapt[ ]

里面会告诉应该使用什么命令~

安装完后的软件在miniconda2文件夹里面的pkgs文件夹下面。

conda config --add channels

查看已经添加的channels

conda config --get channels

conda config --remove channels

conda update conda

conda remove 软件名

source activate 软件名 #把目录添加进环境变量

source deactivate #从环境变量里面 删去

conda info -e

例子：

安装snakemake，snakemake已经整理成Python包，可以直接使用 pip 进行安装，不过需要的Python3的环境，利用 conda 进行安装：

试试 snakemake -h 看看安装成功没有？

但是可能网络会不太好，可能需要多几次进行安装。

参考：

用Miniconda，Bioconda来安装常见的生物信息学软件 | 生信菜鸟团 [ ] ；

。

miniconda2安装失败

miniconda2安装失败？

答案如下:是因为设置的问题，一是过来了这里的话就是晚会得其反的效果。

关于miniconda和miniconda3是干什么的的介绍到此就结束了，不知道你从中找到你需要的信息了吗 ？如果你还想了解更多这方面的信息，记得收藏关注本站。