lncRNA测序
长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指长度大于200 nt的RNA,位于细胞核内或胞浆中,不参与蛋白质编码功能,以RNA形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平,在生命活动中具有重要作用。STR是以核心序列(corerepeatunits)首尾相连多次重复形成。
长链非编码RNA测序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一种使用特定方法降低样本中rRNA 的丰度,对富集到的 RNA进行文库构建,再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性获得样本中全部的lncRNAs信息,对lncRNAs的类别、功能进行的深入分析,从而快速准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)相关 lncRNA信息。在同样获得80M测序数据的情况下,NimbleGen有97%的目标序列达到10x以上的测序深度,而其他产品只有90%。
蛋白质定量组学服务
细胞内蛋白质组丰度的动态变化对不同生命过程有重要影响。例如在许多疾病的发生和发展进程中,常常伴随着某些蛋白质的表达异常。过程是将DNA样品先经盐酸或氢l氟酸水解成碱基,水解产物通过色谱柱,结果与标准品比较,用紫外光测定吸收峰值及其量,计算5mC/(5mC+5C)的积分面积就得到基因组整体的甲l基化水平。目前定量蛋白质组学技术主要分为标记(label)策略和非标记的(label free)定量策略,其中标记策略又分为体内标记(如 SILAC、15N 标记),以及体外标记(如 iTRAQ、TMT 标记) 。
传统的基于2D双向凝胶电泳分离的蛋白质组通常可以鉴定出约1000种蛋白,对全蛋白质组的覆盖仅在5~10%左右,不能满足高通量定量蛋白质表达谱分析的要求。我们结合样品制备与高分辨率、高灵敏度的液相色谱-质谱联用技术,可在细胞与组织类样品中鉴定直至多于10000个蛋白,对全蛋白质组的覆盖>60%。用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,所有未发生jia基化的胞嘧定被转化为尿嘧ding,而jia基化的胞嘧定不变。结合生物信息学分析,为您构建高通量蛋白质定量表达谱。
RIP
技术概述
RIP是研究体内蛋白与RNA互作的重要技术。由于线粒体有着与真核生物长期共生的进化历史,因此其基因组包含了反映物种进化的关键信息,同时,相对于核基因组,线粒体基因组小,容易对大量物种进行横向的比较分析,有利于生物进化的研究,因而受到进化生物学家的钟爱。该技术先用甲醛等试剂交联细胞内的“蛋白-RNA”互作复合物,裂解细胞后,用靶蛋白特异的抗l体(或标签抗l体)做免l疫沉淀,获得“靶蛋白-RNA”互作复合物,去交联分离其中的RNA;针对预测的靶蛋白结合RNA的序列设计引物,
做qPCR实验,验证预测的RNA是否与靶蛋白有结合,或者将分离出来的RNA做高通量测序,筛选到可能与靶蛋白结合的RNA。
技术流程
细胞交联-→细胞裂解-→免l疫共沉淀→去交联→RNA分离→建库→高通量测序(或qPCR)。
5.长可以合成多长的引物?
答:引物越长,出现问题的概率就越大。有的公司合成过120base的引物,产率很低。二、大肠菌群检验方法:由于大肠菌群指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌,即:需氧及兼性厌氧、在37°C能分解乳糖产酸产气的革兰氏阴性无芽胞。除非需要,建议合成片段长度不要超过80mer,按照目前的引物合成效率,80mer的粗产品,全长(还不一定正确)引物的百分比不会超过40%,后续处理还有丢失很多,的产量很低。
6.需要合成多少OD数?
答:根据实验目的确定。一般PCR扩增,2 OD引物,可以做200-500次50ul标准PCR反应。如果是做基因拼接或退火后做连接,1 OD就足够了。但是有些研究人员,就做几次PCR,但是却要5-10 OD。做全基因构建的引物都比较长,但是我们有些研究人员也要求高OD数。上机操作按仪器操作说明书安装毛细管,进行毛细管位置的校正,人工手动灌胶和建立运行的测序顺序文件。片段越长, 全长得率就越低,出错的几率就越大。超出需要之外的OD数要求,其实也是对社会资源的一种浪费,同时也从一个侧面反映了部分研究人员特别是新手的自信心不足,总觉得需要重复多次才能成功。