在更换刀具、清除杂草及检查维修时，必须在发动机停止运转后方能进行。在斜坡、公路或狭窄地段转移时，必须确保安全。严禁用任何方式提高该机作业速度。发动机的转速、功率等各部分在实验台上已调整正常，严禁随意调整。机器无照明装臵，严禁在夜间作业。微耕机在田间地角、沟、穴、渠等附近作业要低速行驶；在大棚内作业时需注意通风透气，使空气对流，废气排出。
耕深度调整取出阻力棒销子，改变阻力棒上下连接孔位，就能调整耕作深度，销子穿入阻棒上面的孔，阻力棒降低，耕深就加大，销子穿入下面的孔，阻力棒升高，耕深就减小。有的机器是用螺栓来调整阻力棒的高度，调整时，先松开螺栓，把阻棒调整到需要的位置，再拧紧螺栓即可。选择配套作业机具，根据土壤情况，选择合适的机具冬水田耕作选用水田轮，旱地耕作选用旋耕刀（若地里杂草多而深，应选用割草型机具），旱地改水田，遍用旋耕刀或复合刀，第二遍用水田轮，耕作机具与微耕机动力输出轴的连接处必须（穿好轴销及弹性销）。在安装时要特别注意左右的区别，千万不能装反。
微耕机平常使用中要注意不要堵塞活塞，造成环沟不畅通，无法的燃烧机油，损伤发动机。要了解机器的构造、性能、如何使用等等，只有对微耕机有一定的了解，才能在使用中得心应手。微耕机在使用中螺栓、螺母容易松动，还有微耕机各部位的调整螺栓都要仔细检查。微耕机机体小、重量轻，特别适合于大棚、果园等地使用。大棚用的微耕机机体小巧，工作起来，操作起来简单灵活。
