排污单位在排污许可证管理信息平台上注册、填报排污许可证申请表或排污登记表。其中，实行重点管理和简化管理的排污单位应向分别向市、县（区）级环保的部门提交通过平台打印出来的书面申请材料，在规定期限内到核发部门申请取得排污许可证；
对于无证排污、不按证排污，或者应当申请排污许可证但擅自降低管理类别填报排污登记表等违w法行为，生态环境部门将依法依规予以查处。
登记管理类的排污单位在排污许可证管理信息平台填报排污登记表后，系统自动即时生成登记编号和回执，排污单位自行打印留存。
根据《排污许可管理办法（试行）》，违反排污许可自行监测要求的，由县级以上环境保护主管部门依据《中华人民共和国大气污染防治法》《中华人民共和国水污染防治法》的规定，责令改正，处二万元以上二十万元以下的罚款；拒不改正的，依法责令停产整治：
服务流程
1、业务咨询：指导企业准备相关资料
2、服务对接：企业提供相应的资料，环保管家帮助企业整理完善
3、现场指导：帮助企业填报《排污许可证申请表》，帮助企业通过环保的部门的现场考查
4、完成服务：帮助企业取得环保的部门发放的排污许可证，环保管家向企业交付排污许可证副本
环境保护相关部负责排污许可制度的统一监督管理，制订相关政策、标准、规范，指导地方实施排污许可制度。省、自治区、直辖市环境保护主管部门负责本行政区域排污许可制度的组织实施和监督。
建设、运行、维护、管理国家排污许可证管理信息平台，各地现有的排污许可证管理信息平台应实现数据的逐步接入。在统一社会信用代码基础上，通过国家排污许可证管理信息平台对的排污许可证实行统一编码。