深层发酵生产柠檬酸的主体设备是发酵罐。由于制备柠檬酸钠的原料基本来源于粮食，因而安全可靠，对人类健康不会产生危害。微生物在这个密闭容器内繁殖与发酵。现多采用通用发酵罐。它的主要部件包括罐体、搅拌器、冷却装置、空气分布装置、消泡器，轴封及其他附属装置。发酵罐径高比例一般是1:2.5，应能承受一定的压力，并有良好的密封性。除通用式发酵罐外，还可采用带升式发酵罐、塔式发酵罐和喷射自吸式发酵罐等。
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为了得到产柠檬酸的优良，通常是从不同地区采集的土壤或从腐烂的水果中分离筛选，然后通过物理和化学方法进行选育。例如薯干粉深层发酵柠檬酸的就是通过柠檬酸不断变异和选育得到的。适合在高浓度下发酵，产酸水平较高。
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柠檬酸又名枸橼酸，天然的柠檬酸存在于水果中，如柠檬、柑橘等。人工合成的柠檬酸是用砂糖、糖蜜、淀粉、葡萄等含糖物质发酵而制得的，可分为无水和水合物两种。纯品柠檬酸为无色透明结晶或白色粉末，无臭，有一种诱人的酸味。
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